戦後我が国の衛生状態は極度に悪化し､感染症の発生は極めて多く､特に､結核､ 性病､寄生虫症等の蔓延が著しかった｡そこで､厚生省は感染症の予防､治療等に関し､ 厚生行政に直結する総合的医学研究を行う機関として､昭和22年５月21日厚生省所管の予防衛生研究所を東京大学付属伝染病研究所（現在の東大医科学研究所）庁舎内に設置し､研究､ 検定及び試験製造の３部並びに庶務課を置き業務を開始した｡昭和30年３月には､ 品川区上大崎の元海軍大学校跡地に移転した｡ 　平成４年７月１日､ 国立予防衛生研究所のあり方に関する答申（昭和59年８月25日） 等に基づいて研究部門と検定部門を明確に分離する等､組織の全面的見直しによる改定を実施し､同年10月には国立予防衛生研究所､国立健康・栄養研究所､国立医療・病院管理研究所と合同の厚生省戸山研究庁舎に移転した｡ 　以来、上大崎庁舎は封置され、現在に至っている。最近、住都公団によるマンション建設の計画が持ち上がり、防災公園化と土壌検査を求めて、住民運動が起こっている。